Il Santuario, chiamato dalla locale popolazione anche come Ceseta o Madoneta, si presenta con un’unica navata e con la presenza di otto altari.

Dietro l’altare maggiore troviamo la cripta con l’altare che contiene la statuina ritrovata nel luogo stesso dell’apparizione.

Poi l’altare dedicato a San Bellino e Sebastiano con tela datata 1710.

L’altare dedicato all’ Annunciazione, costruito dalla famiglia padovana Todescato nel 1672.

L’altare dedicato dal 1695 a San Carlo Borromeo e San Francesco d’Assisi.

L’altare dedicato a San Gaetano Thiene per volontà di Alessandro Thiene nel 1688.

L’altare dedicato a Sant’Antonio precedente all’anno 1695 con tela raffigurante il santo.

Le fraglie sono confraternite religiose composte da fedeli in prevalenza laici che si associano con l’intento di dedicarsi alla vita cristiana attraverso opere di carità e rigida disciplina. Sono organizzazioni regolate da un proprio statuto, hanno un capo e possono avere anche beni di proprietà.

Si riuniscono in cappelle o chiese per compiere funzioni religiose e i propri associati compiono opere caritatevoli. Il periodo più fiorente per le fraglie fu subito dopo il Concilio di Trento per contrastare le teorie protestanti e dopo la sconfitta dei turchi a Lepanto nel 1571 da parte delle armate cattoliche.

Della Confraternita di S. Maria delle Grazie detta anche “Fraglia ” si hanno notizie già nel 1587 e nel 1610 papa Paolo V diede la possibilità alla fraglia di lucrare sulle indulgenze.

Nel 1805 la fraglia fu soppressa da decreto napoleonico ma l’8 settembre del 1817 il rettore del Santuario don Giuseppe Mazzon la rifondò alla presenza del vescovo Dondi dell’Orologio che chiese anche di farne parte.

Oggi alla fraglia aderiscono circa 3000 confratelli ed è una tradizione ancora fiorente e viva fra la popolazione di Villafranca Padovana.