L’oratorio di San Marco è legato alla presenza della nobile famiglia veneziana dei Michiel. Dal catastico veneto del 1775 si evince che la famiglia aveva un Palazzo con annessa una chiesetta: l’oratorio di San Marco. Nel 1674 l’assegnazione del beneficio di Ca’ Michiel con una rendita a don Lorenzo Magossi, certifica l’esistenza dell’oratorio legato alla proprietà della famiglia. Si trattava di un beneficio a disposizione di studenti del Seminario bisognosi, non lontani dalla consacrazione, che serviva loro per il completamento degli studi. Ne fruirono diversi sacerdoti nel periodo tra il 1738 ed il 1843, quando divenne titolare del beneficio il parroco della chiesa di S. Francesco di Rovigo.
Nel 1862 la proprietà di Ca’ Michiel passò ai signori Crespi di Milano, ebbe una via autonoma staccata dall’oratorio, che rimase per un certo tempo chiuso. Dopo la seconda guerra mondiale proprietaria dell’oratorio divenne la parrocchia, che avviò importanti interventi di restauro per il ripristino della chiesetta.